北京教育科学研究院成立于1996年1月。是北京市委、北京市人民政府在成立北京市教育委员会的同时，“将原一办三局下设的教育发展研究中心、教学研究部、教育科学研究所、职教中心、高等教育研究所、成人教育科学研究部所、成人教育教学研究中心、《教育丛书》办公室、北京市教材编审部等单位合并组建”而成。主要职责是进行教育科学应用、基础理论、教育发展战略、教育教学方面的研究，为提高教学质量、教育管理和决策水平服务。

经过二十多年的发展，业务研究机构从成立之初的9个，发展为14个：教育发展研究中心、基础教育教学研究中心、基础教育科学研究所、高等教育科学研究所、职业教育研究所、终身教育与可持续发展教育研究所、早期教育研究所、基础教育课程教材发展研究中心、德育研究中心、教师研究中心、教育创新与推广研究中心、北京市教育督导与教育质量评价研究中心、北京市特殊教育研究指导中心、期刊部(班主任研究中心)。业务研究范围纵向涉及到学前教育、义务教育、高中教育、职业与成人教育、高等教育等各级各类教育，横向涉及到教育规划、教育政策、学校与教师发展，课程、教材、教学、评价，德智体美等方面。与同类机构相比，业务覆盖面最宽，与市、区教育行政部门的联系最紧，与基层学校的联系最广泛。2014年被确定为公益二类事业单位。目前，在职职工384人，具有专业技术职务334人。其中，高级专业技术职务201人;具有本科以上学历370人，其中，博士75人、硕士165人。

“十三五”以来，北京教科院共承担 300多项重要课题和项目的研究任务，同时还承担了教育部、北京市教育行政部门临时性委托任务450余项，北京市各区县及学校委托等横向项目150项。全院科研人员在各类学术期刊发表教育类学术论文1000余篇，出版专著、编著、译注等著作类成果192本，省部级以上教材61部。获得各类科研成果奖60多项，其中北京市教育教学成果奖26项，国家级教学成果奖5项。

目前，北京教科院以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，认真贯彻落实全国教育大会精神和北京市教育大会精神，秉承“深化整合、成人成事、提升影响力”的发展思路，锐意进取、奋发有为，全力推进“具有首都特点、中国特色和国际影响的高水平新型教育智库”建设。