会议分三个阶段进行。

9日，在进行了简短的开幕式后，耿申主任作了“关于‘十一五’科研课题结题的若干问题”专题讲座，他从课题总结的指导思想、阐述方式、结果与结论的表达、总结的额外收获等方面进行了详细讲解。之后，进入大会交流阶段，海淀区教科所的严星林作了“一种着眼于问题解决有效策略的学校科研模式”的报告，平谷区教科所的孙凤华作了“平谷区高中校本课程建设现状调查报告”的发言；东城区教科所的杨眉作了“东城区普通高中学生综合素质评价实施现状调查报告”的发言。随后，三位发言人与参会者进行了互动交流。张铁道副院长主持了交流活动并对大会交流论文进行了点评。接着，他就区县科研人员如何有效地开展专题调研和调研成果的呈现等作了专题报告。他提出，调研题目要有价值，要能够把握；研究人员和报告人要有对象意识；对事物的了解要跟踪其全过程；调研要关注与被调查对象的距离；要足够客观地陈述人物的对话；数据要真实可靠；结论要准确；建议要令人信服。

10日，分五个会场进行专题研讨，五个专题分别是：“区县教科所主持或参与的课题研究”、“教育评价的理论研究与实践探索”、“为区县教育行政服务的实践研究”、“课改实验带来教育实践的变化”和“课改实验的经验及对新课程的反思”。专题论坛由区县教科所所长分别主持，邀请了来自北京教育学院、北师大、首师大和北京教科院等部门的10位专家对交流论文给予了点评。有56篇论文在论坛上进行了交流和研讨。

11日，进入大会交流和总结。会上，5个分论坛的代表交流了前一天本专题研讨的情况；时龙院长作报告，他首先对年会的召开表示祝贺并充分肯定了本届年会论文在概念界定、研究方法、表述方式等方面的进步。接着，他指出，北京教育的发展就是要靠改革驱动，靠研究提升并就此提出三点要求：一是明确北京教育发展定位，要研究发展中的新问题；二是用真正的教育思想统领教育研究，为教育发展导航；三是始终注重从教育基本问题出发，把研究工作做实。最后，赵学勤所长以“关于科研人员专业发展”为题，为本次年会做了总结，总结中他着重阐述了区县科研人员的定位和要求以及2010年项目设计两方面内容。

本届年会共收到论文124篇。经评审分别有4篇、28篇和34篇论文获一、二、三等奖。大会对获奖者进行了表彰。这次年会有效搭建了广大区县科研人员的交流平台，更好地实现了研究成果的充分交流与推广，为更好加强市、区协作打下良好基础。同时也推进了项目工作。